संस्थान का पुस्तकालय संकलन की दृष्टि एवं सेवा की प्रकृति के अनुसार विशिष्ट पुस्तकालय की श्रेणी में आता है। इस पुस्तकालय में देशविदेश के विद्वान अध्ययन कर चुके है। संस्थान का मुख्य अंग पुस्तकालय होने के कारण उसमें लगभग १५०० दुर्लभ ग्रन्थ, पुस्तके एवं पत्रिकाये संग्रहित है। इस पुस्तकालय में जैन संस्कृति से सम्बन्धित जैन दर्शन, धर्म, इतिहास, हिन्दी साहित्य, शब्दकोष, विश्व शब्दकोष, पुरातत्व सर्वऽक्षण, मूर्तिकला, वास्तुकला, संस्कृत आदि के सन्दर्भ ग्रन्थ उपलब्ध है। संस्थान के कार्य दिवसो मे शोधर्थियों जैन विद्वानों एवं पाठकों के निःशुल्क अध्ययनार्थ पुस्तकालय में खुला रहता है।